“夏亚的反叛”引发的第二次新吉翁战争落幕十二年后，时间迈入宇宙世纪105年（U.C.0105）。此时，一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织悄然崛起，他们以暗杀政府高官的极端手段，公然反抗地球联邦政府的强权暴政。 该组织的神秘领导人——马夫蒂·纳比尤·艾林，其真实身份竟是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年战争英雄布莱特·诺亚之子，哈萨维·诺亚。在此期间，哈萨维遇到了一位展现出奇异力量的少女琪琪·安达露西亚。尽管他的内心时常被琪琪的言语所捉弄与撩动，但哈萨维依然坚定信念，为实现马夫蒂的崇高目标步步为营，推动着反抗计划向前迈进。 与此同时，奉命追捕马夫蒂的地球联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，意外收到了来自刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议，局势变得愈发波谲云诡。 在哈萨维与凯奈斯各自怀抱不同信念、为实现目标而展开激烈交锋之时，琪琪也为了履行属于她自己的神秘使命，毅然踏上了前往香港的旅程。在这错综复杂的命运交织下，一场席卷地球与宇宙的新风暴即将来临。